Institut de Mathématiques de Marseille, UMR 7373




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Séminaire Mathématiques, Évolution, Biologie (MEB)

par Didier Gilles, Keller Julien, Kopp Michael, Lozingot Eric, Tichit Laurent - publié le , mis à jour le

Agenda

Séminaire

  • Lundi 3 avril 11:00-12:00 - Marie-France Sagot - LBBE Lyon

    TBA

    Lieu : FRUMAM

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  • Lundi 10 avril 11:00-12:00 - Pierre Peterlongo - GenScale, INRIA, Rennes

    TBA

    Lieu : FRUMAM

    Exporter cet événement

  • Lundi 15 mai 10:00-12:00 - Michael Blum - TIMC-IMAG, Grenoble

    Détection d’outliers en grande dimension : application à la génomique des populations

    Résumé : Notre objectif est de détecter quelles sont les variables outliers dans
    des jeux de données de grande dimension. Les méthodes de détection
    d’outliers sont utilisées en génomique pour détecter quels sont les
    gènes qui permettent aux individus de s’adapter à leur environnement.
    Nous proposons une approche rapide basée sur l’analyse en composantes
    principales. Le principe est de considérer comme gènes candidats ceux
    qui sont excessivement corrélés avec les composantes principales. Pour
    ce faire, nous calculons pour chaque marqueur génétique un vecteur qui
    mesure l’association entre un marqueur génétique et les composantes
    principales. Nous utilisons ensuite la distance de Mahalanobis pour
    trouver quels sont les vecteurs atypiques. En utilisant un jeu de
    données humains comprenant un peu plus d’un millier d’individus et des
    centaines de milliers de marqueurs génétiques, nous montrons que cette
    approche permet de détecter des exemples d’adaptation biologique chez
    l’homme.

    Lieu : FRUMAM

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groupe de travail

Manifestation scientifique

Descriptif
Nature Séminaire
Intitulé Mathématiques, Évolution, Biologie (MEB)
Responsables Gilles Didier
Michael Kopp
Équipe de rattachement Mathématiques, Évolution, Biologie (MEB)
du Groupe ALEA
Fréquence Hebdomadaire
Jour-Horaire Mercredi, à 11h
Lieu FRUMAM, St Charles (accès)
Lien http://gilles.didier.free.fr/MEB/

Contacts :
gilles.didier_AT_univ-amu.fr
michael.kopp_AT_univ-a mu.fr

Le séminaire MEB est la continuation du séminaire MEG, qui était le séminaire conjoint des équipes « Méthodes Mathématiques pour la Génomique » (MMG) de l’ex-IML et « Évolution Biologique et Modélisation » (EBM) de l’ex-LATP. Lors de la création de l’I2M, les deux équipes ont été réunies pour former l’équipe MEB (Mathématiques, Évolution, Biologie).
L’équipe MEB est pluri-disciplinaire, à la fois dans ses thèmes et sa composition. Elle inclut des mathématiciens, des informaticiens et des biologistes, réunis autour de la modélisation et l’étude de phénomènes biologiques, en particulier liés à l’évolution. À l’image de l’équipe, le séminaire invite des orateurs venant de différentes disciplines. Les exposés ont vocation à attirer un public plus large que les seuls membres de l’équipe, ou même que l’I2M.
Le séminaire MEB s’intéresse à la fois à la modélisation de phénomènes biologiques et au traitement de leurs données. Le thème principal du séminaire est l’évolution biologique, mais tout exposé relevant d’un des axes de l’équipe, ou plus généralement des interactions entre mathématiques et biologie, y est naturellement bienvenu.
Les domaines abordés sont principalement :
- l’évolution biologique,
- les probabilités et statistique,
- l’algorithmique,
- la génétique des populations,

Archives : séances de l’ex-séminaire "Mathématiques, Evolution, Génome" (MEG), créé en octobre 2008, dont les organisateurs étaient : E. Pardoux, P. Pontarotti, E. Rémy.