Institut de Mathématiques de Marseille, UMR 7373




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Les événements de mai 2017

Séminaire

  • Équipe Analyse Appliquée (AA)

    • Mardi 23 mai 11:00-12:00 -

      Pas de séminaire : Journées NTM à Porquerolles

      Article

    • Mardi 30 mai 11:00-12:00 - Olivier GALLINATO - INRIA, IMB, Université de Bordeaux

      Free boundary problem for cancer cell protrusion formation. Mathematical model and numerical aspects for resolution.

      Résumé : Metastatic cells are cancer cells that leave a primary tumor. They are able to invade sub-epithelial basement membranes and then to migrate through the healthy tissue towards the blood network or lymphatic system before invading the rest of the body and creating metastases. Numerous biological phenomena are involved inside the cell and they are strongly coupled to microenvironmental processes via the cell membrane. They lead to protrusion formation which are the early stages of invasion and directional migration, depending on though the protrusion is localized and proteolytic (invadopodia) or wider and non-proteolytic (pseudopodia).
      For both invadopodia and pseudopodia, the protrusion formation at the cellular level can be mathematically described thanks to a free-boundary model based on PDEs. In our model, an interface accounts for the cell membrane, which is the main area of interest. This interface is between two harmonic phases. One phase stands for the outer phenomena : in the case of invadopodia, it accounts for the ligands which are created if some cellular MT1-MMP enzymes are embedded in the membrane and degrade the extracellular matrix. In the case of pseudopodia, the outer phase is a chemotactic signal which is diffused by a distant blood network or immune cells. In both cases, the outer phase is given with a Neumann boundary condition on the interface and provides the data of the Dirichlet boundary condition for the inner phase. The inner phase accounts for a cytoplasmic signal, which is triggered by the binding of outer ligands to receptors at the cell membrane. This signal is a simplification to describe the internal signalling pathways that lead to actin polymerization. The force exerted by the actin filaments on the membrane results in the protrusion formation. The interface velocity is then given as the gradient of the inner phase.
      The positive feedback loop between inner and outer phases results in a strong mathematical coupling. From the numerical point of view, the coupling and successive derivations at each time step may result in nonconsistent solutions. The main focus of the presentation is to give the hints for building suitable numerical methods, which make it possible to overcome the issue thanks to the use of superconvergence properties. These methods are based on finite differences for solving the protrusion formation problem on Cartesian grid. A level set function is used to implicitly describe the interface in the usual Eulerian formalism. The core of the methods is the stabilization of the standard Ghost Fluid Method (Fedkiw et al.,1999), the use of a specific velocity extension, and linear, quadratic or cubic extrapolations of the ghost values. They result in different numerical schemes with different superconvergent behaviors. Hence, depending on the scheme, the solutions are either first order or second order accurate. Finally, the cubic method even leads to a second order accuracy of the interface curvature, which makes it possible to consider using interface regularization techniques to model the subsequent stages of cell migration. The presentation will be illustrated by convergence tests and simulation results showing the formation of membrane protrusions.

      Lieu : CMI, salle de séminaire

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      Article

    • Mardi 6 juin 11:00-12:00 - Emeric BOUIN - CEREMADE, Université Paris Dauphine

      Large deviations for velocity-jump processes

      Résumé : In this talk, I will present some results concerning the study of large deviations for velocity jump processes from a PDE point of view. The Chapman-Kolmogorov equation of the process being a kinetic equation, I will show how to perform an Evans-Souganidis/Freidlin type of approach directly at the kinetic level. The talk will also underline the differences between the results we obtain, and the classical results obtained for the macroscopic limit of the process (the heat equation).

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      Emeric BOUIN

      Lieu : CMI, salle de séminaire R164 (1er étage) - I2M - Château-Gombert
      39 rue Frédéric Joliot-Curie
      13453 Marseille cedex 13

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      Article

    • Mardi 13 juin 11:00-12:00 - Julien BRASSEUR - I2M, Marseille

      Sur les restrictions de fonctions peu régulières

      Résumé : Dans cet exposé, on s’intéressera à la propriété de la restriction sur des espaces de fonctions peu régulières. Par exemple, étant donné une fonction dans H^1, on peut montrer que presque toutes ses restrictions appartiennent encore à H^1. Ce type de propriété joue un rôle crucial en théorie du relèvement et, par extension, dans certains problèmes de réaction-diffusion du type Ginzburg-Landau. On montrera de nouveaux résultats exhibant une large classe d’espaces de Besov pour lesquels, étonnamment, cette propriété n’est pas vérifiée.

      Lieu : CMI, salle de séminaire - I2M - Château-Gombert
      39 rue Frédéric Joliot-Curie
      13453 Marseille cedex 13

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      Article

    • Mardi 20 juin 11:00-12:00 - Quentin GRIETTE - Institut Montpelliérain Alexander Grothendieck

      Studying the spread of evolving diseases : traveling waves and pulsating fronts.

      Résumé : I will talk about a system of two coupled reaction-diffusion equations modeling the spread of evolving diseases. In this scenario, a pathogen propagates within a population of susceptible hosts while a fast mutation process allows its phenotype to change in the same time scale as the invasion process. I will consider a special case where only two phenotypes exists, leading to a system of two coupled KPP-type equations.
      I will first talk about the case of a homogeneous space, where the reaction coefficients do not depend on the space variable, and present a construction of traveling waves that allow us to characterize the propagation. Then, I will investigate the case of a periodically heterogeneous space, and show how we constructed pulsating fronts in this situation. In both cases, there is competition between the two pathogens, which we treated as a non-local term ; in particular, we are not in a situation where a comparison principle is available, which is a challenging mathematical problem.

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      Quentin GRIETTE

      Lieu : CMI, salle de séminaire R164 (1er étage) - I2M - Château-Gombert
      39 rue Frédéric Joliot-Curie
      13453 Marseille cedex 13

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      Article

  • Équipe Géométrie, Dynamique, Arithmétique et Combinatoire et leurs interactions (GDAC)

    • Mardi 30 mai 11:00-12:00 - Idrissa KABORÉ - Université Polytechnique de Bobo-Dioulasso

      Etude de la complexité du mot de Fibonacci généralisé

      Résumé : Dans cet exposé, je présenterai une étude générale de la complexité du mot de Fibonacci généralisé $F_l,\,m$ engendré par le morphisme $\sigma_l,\, m$ donné par $\sigma_l,\,m(a)=a^lb^m$ et $\sigma_l,\,m(b)=a.$.
      L’exposé porte sur un travail en commun avec Julien Cassaigne.

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      Idrissa KABORÉ

      Lieu : Luminy, TPR2, salle 304-306

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      Article

    • Mardi 6 juin 11:00-12:00 - Florent JOUVE - IMB, Université de Bordeaux

      Biais de Chebyshev dans les groupes de Galois

      Résumé : Dans une lettre datée de 1853, Chebyshev fait observer que pour une proportion très majoritaire de x\geq 2 il y a prépondérance, parmi les premiers p plus petits que x, des p congrus à 3 modulo 4 par rapport aux p congrus à 1 modulo 4. Ce phénomène a connu depuis de vastes généralisations et a donné lieu à divers analogues. L’exposé, basé sur un travail en commun avec D. Fiorilli, se concentrera sur une variante où l’on regarde les disparités dans la répartition des substitutions de Frobenius dans les classes de conjugaison du groupe de Galois d’une extension de corps de nombres.

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      Florent JOUVE

      Lieu : Salle des séminaires 304-306 (3ème étage) - Institut de Mathématiques de Marseille (UMR 7373)
      Site Sud
      Campus de Luminy, Case 907
      13288 MARSEILLE Cedex 9

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      Article

    • Mardi 20 juin 11:00-12:00 - Timo JOLIVET - LIF, Marseille

      Dynamique des systèmes S-adiques associés à l’algorithme de Cassaigne

      Résumé : On s’intéresse aux propriétés dynamiques des systèmes S-adiques obtenus en réinterprétant substitutionnellement l’algorithme de fractions continues multidimensionnel récemment découvert par Julien Cassaigne.
      On présentera des outils combinatoires dont le but est de montrer que ces systèmes ont un spectre purement discret, en faisant le parallèle avec les outils déjà existants pour la conjecture Pisot.

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      Timo JOLIVET

      Lieu : Salle des séminaires 304-306 (3ème étage) - Institut de Mathématiques de Marseille (UMR 7373)
      Site Sud
      Campus de Luminy, Case 907
      13288 MARSEILLE Cedex 9

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      Article

  • Équipe Géométrie, Dynamique, Arithmétique et Combinatoire et leurs interactions (GDAC)

    • Lundi 5 juin 14:00-15:00 -

      Lundi de Pentecôte

      Article

    • Lundi 12 juin 14:00-15:00 - Anthony GENEVOIS - I2M, Marseille

      Groupes d’allumeur de réverbères et espaces médians

      Résumé : Dans cet exposé, on s’attachera à montrer comment un produit en couronne de deux groupes agissant sur des espaces médians agit lui-même sur un espace médian. Comme conséquences de cette construction, plusieurs propriétés se trouvent être invariantes par produits en couronne, comme être a-T-moyennable ou bien agir proprement sur un complexe cubique CAT(0).

      Lieu : CMI, salle de séminaire R164 - I2M - Château-Gombert
      39 rue Frédéric Joliot-Curie
      13453 Marseille cedex 13

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      Article

    • Lundi 19 juin 14:00-15:00 - Thang LE - Georgia Institute of Technology

      Skein algebras of surfaces and Quantum Teichmuller space

      Résumé : The skein algebra of a surfaces has connections to classical objects like the character variety and to quantum objects like the Jones-Witten invariants. We show how to decompose the skein algebra of a surface into elementary blocks corresponding to the triangles in an ideal triangulation of the surface. We also explain the relation between the skein algebra and the quantum Teichmu"ller space. As an application we give a simple proof of the existence of the quantum trace map of Bonahon and Wong.

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      Thang LE

      Lieu : CMI, salle de séminaire R164 - I2M - Château-Gombert
      39 rue Frédéric Joliot-Curie
      13453 Marseille cedex 13

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      Article

  • Équipe Géométrie, Dynamique, Arithmétique et Combinatoire et leurs interactions (GDAC)

    • Vendredi 26 mai 11:00-12:00 - Angel PARDO - I2M, Marseille

      Comptage quantitatif dans les windtrees de type Veech

      Résumé : TBA

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      Angel PARDO

      Lieu : FRUMAM - Aix-Marseille Université - Site St Charles
      3, place Victor Hugo - case 39
      13331 MARSEILLE Cedex 03

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      Article

    • Vendredi 2 juin 11:00-12:00 - Antoine PINOCHET

      Théorèmes ergodiques avec vitesse de convergence sur le tore et la sphère

      Résumé : TBA

      Lieu : FRUMAM - Aix-Marseille Université - Site St Charles
      3, place Victor Hugo - case 39
      13331 MARSEILLE Cedex 03

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      Article

    • Vendredi 9 juin 11:00-12:00 - Serge TROUBETZKOY - I2M, Marseille

      Billards polygonaux topologiquement faiblement mélangeants

      Résumé : TBA

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      Serge TROUBETZKOY

      Lieu : FRUMAM - Aix-Marseille Université - Site St Charles
      3, place Victor Hugo - case 39
      13331 MARSEILLE Cedex 03

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      Article

    • Vendredi 16 juin 11:00-12:00 - Nicolas BÉDARIDE - I2M, Marseille

      Calculs de groupes de cohomologie de pavages

      Résumé : TBA

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      Nicolas BÉDARIDE

      Lieu : FRUMAM - Aix-Marseille Université - Site St Charles
      3, place Victor Hugo - case 39
      13331 MARSEILLE Cedex 03

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      Article

  • Équipe Analyse, Géométrie et Topologie (AGT)

    • Mardi 13 juin 14:00-16:00 - Jean-Paul MOHSEN - I2M, Marseille

      Un fibré vectoriel hermitien admet-il des quotients à courbure positive ?

      Résumé : On donnera une condition suffisante (portant uniquement sur la dimension N et sur les rangs R et r) qui assure que tout fibré vectoriel hermitien E de rang R sur une variété projective de dimension N admet un sous-fibré F de rang r tel que le quotient E/F ait une courbure positive. La démonstration utilises des travaux de Donaldson et d’Auroux.

      Lieu : C003 - Aquarium - I2M - Château-Gombert
      39 rue Frédéric Joliot-Curie
      13453 Marseille cedex 13

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      Article

  • Équipe Analyse, Géométrie et Topologie (AGT)

    • Lundi 5 juin 14:00-15:00 -

      Lundi de Pentecôte

      Article

    • Lundi 12 juin 14:00-15:00 - Anthony GENEVOIS - I2M, Marseille

      Groupes d’allumeur de réverbères et espaces médians

      Résumé : Dans cet exposé, on s’attachera à montrer comment un produit en couronne de deux groupes agissant sur des espaces médians agit lui-même sur un espace médian. Comme conséquences de cette construction, plusieurs propriétés se trouvent être invariantes par produits en couronne, comme être a-T-moyennable ou bien agir proprement sur un complexe cubique CAT(0).

      Lieu : CMI, salle de séminaire R164 - I2M - Château-Gombert
      39 rue Frédéric Joliot-Curie
      13453 Marseille cedex 13

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      Article

    • Lundi 19 juin 14:00-15:00 - Thang LE - Georgia Institute of Technology

      Skein algebras of surfaces and Quantum Teichmuller space

      Résumé : The skein algebra of a surfaces has connections to classical objects like the character variety and to quantum objects like the Jones-Witten invariants. We show how to decompose the skein algebra of a surface into elementary blocks corresponding to the triangles in an ideal triangulation of the surface. We also explain the relation between the skein algebra and the quantum Teichmu"ller space. As an application we give a simple proof of the existence of the quantum trace map of Bonahon and Wong.

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      Thang LE

      Lieu : CMI, salle de séminaire R164 - I2M - Château-Gombert
      39 rue Frédéric Joliot-Curie
      13453 Marseille cedex 13

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      Article

  • Équipe Analyse, Géométrie et Topologie (AGT)

    • Jeudi 1er juin 14:00-15:00 - Jean-Paul BRASSELET - I2M, Aix-Marseille University

      Les théorèmes de coïncidence

      Résumé : L’ensemble de coïncidence de deux applications f et g entre variétés lisses ou non M et N, est défini comme l’ensemble des points x de M tels que f(x)=g(x).
      Le théorème de coïncidence de Lefschetz est énoncé dans le cas de variétés lisses compactes orientées M et N de même dimension : Dans ce cas, la somme des indices de coïncidence, définis en ces points (de coïncidence), est égal à la somme alternée des traces de matrices définies par les applications. Le théorème classique des points fixes de Lefschetz est juste le cas M=N et g est l’identité.
      M. Goresky et R. MacPherson ont étendu le théorème des points fixes de Lefschetz dans le contexte de variétés singulières et utilisant l’homologie d’intersection, ceci avec des hypothèses convenables sur les espaces et applications considérés.
      Dans cet exposé, je vais rappeler les principaux résultats et définitions concernant le théorème de coïncidence dans le cas lisse. Dans le cas singulier, je vais rappeler la situation du résultat de Goresky-MacPherson. Cela nous amène au théorème de coïncidence dans le cas singulier, pour lequel je fournirai divers exemples afin d’illustrer le résultat.
      (travaux en commun avec Tatsuo Suwa d’une part, et Alice Libardi, Eliris Rizziolli et Marcelo Saia d’autre part).

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      Jean-Paul BRASSELET

      Lieu : FRUMAM - Aix-Marseille Université - Site St Charles
      3, place Victor Hugo - case 39
      13331 MARSEILLE Cedex 03

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      Article

    • Jeudi 8 juin 14:00-15:00 - Rita RODRÍGUEZ VÁZQUEZ - École Polytechnique, Paris-Saclay

      Non-Archimedean hyperbolic curves

      Résumé : Hyperbolicity is a fundamental notion in complex geometry. In this talk, we shall study hyperbolicity for varieties defined over a non-Archimedean complete field, more specifically for algebraic curves.
      We give a definition allowing us to extract a class of smooth algebraic curves that behave in an analogous way as complex hyperbolic curves.
      In order to do so, we work on analytic spaces in the sense of Berkovich.

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      Rita RODRÍGUEZ VÁZQUEZ

      Lieu : FRUMAM - Aix-Marseille Université - Site St Charles
      3, place Victor Hugo - case 39
      13331 MARSEILLE Cedex 03

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      Article

    • Jeudi 22 juin 14:00-15:00 - Gilberto SPANO - Institut Fourier, Université Grenoble Alpes

      Sur les homologies de Heegaard Floer et symplectique pour les noeuds fibrés

      Résumé : On montre que l’homologie de Heegaard Floer d’un noeud fibré K détecte l’homologie de Floer symplectique de la monodromie du complémentaire de K. Comme application nous obtenons que l’homologie de Heegaard Floer détecte aussi l’entropie topologique de la monodromie du complémentaire d’un noeud fibré, ainsi que la multiplicité des noeuds algébriques dans la 3-sphère.

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      Gilberto SPANO

      Lieu : FRUMAM - Aix-Marseille Université - Site St Charles
      3, place Victor Hugo - case 39
      13331 MARSEILLE Cedex 03

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      Article

  • Équipe Logique de la Programmation (LDP)

    • Mardi 23 mai 11:00-12:00 - Matteo ACCLAVIO - LMNO, Caen

      Syntaxe et sémantique des diagrammes de preuve

      Résumé : TBA

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      Matteo ACCLAVIO

      Lieu : Salle des séminaires 304-306 (3ème étage) - Institut de Mathématiques de Marseille (UMR 7373)
      Site Sud
      Campus de Luminy, Case 907
      13288 MARSEILLE Cedex 9

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      Article

    • Mardi 30 mai 11:00-12:30 - Edoardo LANARI - Macquarie University, Sydney

      Globular models for weak higher dimensional structures

      Résumé : Journée "Autour de l’hypothèse homotopique de Grothendieck".
      The state of the art of higher category theory offers a wide variety of models for ∞-categories, and introduces the problem of comparing them. The two most important differences consist of the basic shapes we allow for our theory and their being algebraic or not. We will introduce a globular model for ∞- groupoids, that was first conjectured by A. Grothendieck, and describe its prominent features, If time permits, we will also outline how a comparison with topological spaces can be made quite explicitely, leading to the formulation of the so-called "Homotopy Hypothesis".

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      Edoardo LANARI

      Lieu : Amphithéâtre Herbrand 130-134 (1er étage) - Institut de Mathématiques de Marseille (UMR 7373)
      Site Sud
      Campus de Luminy, Case 907
      13288 MARSEILLE Cedex 9

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      Article

    • Mardi 30 mai 14:00-15:30 - Simon HENRY - Collège de France, Paris

      Théorie homotopique des types et modèles algébriques pour les infinis catégories et groupoïdes

      Résumé : Dans le cadre de la Journée "Autour de l’hypothèse homotopique de Grothendieck".
      Dans son manuscrit “À la poursuite des champs” Grothendieck propose une définition “d’infini-groupoïde” ainsi qu’une notion d’équivalence entre eux et conjecture que la catégorie homotopique est équivalente à sa catégorie des infini-groupoïdes “à équivalence près”.
      Cette conjecture (l’hypothèse d’homotopie) est toujours un problème ouvert, et il y a de très nombreuses questions basiques concernant cette notion d’infini-groupoïdes qui restent sans réponse. Pour cette raison, on préfère généralement utiliser les ensembles simpliciaux et les complexes de Kan pour définir la notion d’infini-groupoïde et servir de point de départ pour la théorie des catégories supérieures.
      Cela dit l’apparition de la théorie homotopique des types nous donne de nouvelles motivations pour s’intéresser à cette notion d’infini-groupoïdes : tout d’abord n’importe quel type en théorie homotopique des types porte une structure d’infini-groupoïde au sens Grothendieck, ensuite, si la théorie des types est censée être la logique interne de certaines infini-catégories, il s’agit à priori d’infini-catégories globulaires, i.e. d’un genre plus proche de la définition de Grothendieck que des versions simpliciales. Enfin, on sait internaliser en théorie des types la définition d’infini-groupoïdes de Grothendieck, alors qu’on est très loin de savoir faire de même pour les approches simpliciales.
      Dans cet exposé je vais présenter une nouvelle famille de définitions de la notion d’infini-groupoïde qui sont inspirées à la fois de celle de Grothendieck et de la théorie homotopique des types. Elles conservent certaines des bonnes propriétés de la définition de Grothendieck, mais échappent aux problèmes de celle-ci. On sait en particulier prouver l’analogue de l’hypothèse d’homotopie pour cette définition.
      On énoncera aussi une conjecture technique précise, d’apparence simple, qui impliquerait que la définition de Grothendieck est un cas particulier de la nôtre, et qui donc impliquerait aussi l’hypothèse d’homotopie et résoudrait une partie des problèmes ouverts concernant la définition de Grothendieck.

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      Simon HENRY

      Lieu : Amphithéâtre Herbrand 130-134 (1er étage) - Institut de Mathématiques de Marseille (UMR 7373)
      Site Sud
      Campus de Luminy, Case 907
      13288 MARSEILLE Cedex 9

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      Article

    • Jeudi 15 juin 11:00-12:00 - Luc PELLISSIER - LIPN, Paris 13

      Linear approximations, fibrations, intersection types

      Résumé : We investigate intersection types from the “type systems as functors” viewpoint, as recently given by Melliès and Zeilberger. After recasting type-theoretic notions such as subject reduction and subject expansion in functorial terms, we will give an intersection type system for linear logic (deriving from the fact that propositional linear logic is aproximated by its multiplicative fragment). Pulling back this intersection type system along translations of embeddings of a term language into linear logic gives a corresponding intersection type system. We discuss several instances of this general construction, recovering known systems and their usual properties.
      Joint work with Damiano Mazza and Pierre Vial.

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      Luc PELLISSIER

      Lieu : Salle des séminaires 304-306 (3ème étage) - Institut de Mathématiques de Marseille (UMR 7373)
      Site Sud
      Campus de Luminy, Case 907
      13288 MARSEILLE Cedex 9

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      Article

    • Jeudi 22 juin 11:00-12:00 - Victor CHEPOI - LIF, Marseille

      Un contre-exemple à la conjecture de Thiagarajan sur les structures d’évènements régulières

      Résumé : On présente un contre-exemple à la conjecture de Thiagarajan (1996 et 2002) affirmant que les structures d’évènements régulières correspondent exactement à celles obtenues comme dépliages des réseaux de Petri 1-safe finis. Les structures d’évènements, les automates de trace sont des modèles fondamentaux pour la théorie de la concurrence. Il existe des interprétations élégantes de ces structures comme des objets combinatoires et géométriques, et on peut reformuler la conjecture dans ce cadre. Plus précisément, les domaines des structures d’évènements correspondent exactement aux graphes médians pointés et aux complexes cubiques CAT(0) pointés. Une condition nécessaire pour que la conjecture de Thiagarajan soit vérifiée est que les domaines des structures d’évènements régulières admettent un joli étiquetage régulier (regular nice labelling). Pour réfuter cette conjecture, on décrit le domaine d’une structure d’évènement régulière qui n’admet pas de tel étiquetage. Notre contre-exemple est basé sur une construction de Wise (1996 et 2007) d’un complexe de carrés de courbure non-positive dont le revêtement universel est un complexe de carrés CAT(0) contenant un plan muni d’un pavage apériodique. Travail en commun avec J. Chalopin.

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      Victor CHEPOI

      Lieu : Salle des séminaires 304-306 (3ème étage) - Institut de Mathématiques de Marseille (UMR 7373)
      Site Sud
      Campus de Luminy, Case 907
      13288 MARSEILLE Cedex 9

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      Article

  • Équipe Mathématiques, Évolution, Biologie (MEB)

    • Lundi 29 mai 11:00-12:00 - Aitor GONZÁLEZ - TAGC, Marseille

      Prediction of loci involved in complex phenotypes based on regulatory features

      Résumé : Complex phenotypes are influenced by different single nucleotide polymorphisms (SNPs) and genes. Genome-wide association studies (GWAS) is a common technique to statistically associate tag SNPs to given complex phenotypes. A large number of associated loci fall into non-coding regions, which contribute to the phenotype through the regulation of target genes. SNPs in these regions are more difficult to analyze, because heterogeneity of regulatory mechanisms. A number of bioinformatics tools exist to prioritize causal regulatory SNPs, but these methods are not able to distinguish associated SNPs, because most associated loci do not cause the phenotype and do only co-occur with an unknown causal SNP. Predictive models of associated loci might be useful to integrate the vast number of known phenotype-specific associated loci and to prioritize loci with an association at borderline significance.
      Here we present a method to train a supervised classification model using associated loci and regulatory features to predict likely association loci in non-coding regions at the genome. Leave-one-chromosome-out cross-validation shows area-under-the-curve (AUCs) performances between 0.79 and 0.71 for intronic and intergenic SNPs. Analysis of the learning matrices shows a good agreement of known roles of histone marks for prediction of associated SNPs. We also find that crucial genes like cancer genes often contain SNPs with positive scores whereas likely less important unannotated genes mostly contain SNPs with negative scores.
      In conclusion, this new method predicts and helps understand the function of the non-coding genome based on associated SNPs and regulatory feature data.

      Lieu : Luminy, I2M sud, amphi Herbrand

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    • Lundi 12 juin 11:00-12:00 - Damien PAULET - LIRMM - Montpellier

      Traduction, Ribo-seq et biais d’usage des codons

      Résumé : Le Ribo-seq est une nouvelle technique, dérivée du RNA-seq, qui permet de mesurer avec précision la traduction.
      Cette nouvelle approche a déjà permis d’étudier la régulation des gènes au niveau traductionnel, et ce, à l’échelle du génome.
      Nous présentons ici une autre utilisation du Ribo-seq : le calcul précis du biais d’usage des codons.
      Cela permet de déterminer quels sont les codons assurant la traduction la plus efficace, et d’étudier la conservation de ces codons optimaux entre espèces.

      Lieu : FRUMAM - Aix-Marseille Université - Site St Charles
      3, place Victor Hugo - case 39
      13331 MARSEILLE Cedex 03

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  • Équipe Statistiques (STA)

    • Lundi 12 juin 14:00-15:00 - Pierre ALQUIER - ENSAE, Malakoff

      Estimation bounds and sharp oracle inequalities of regularized procedures with Lipschitz loss functions

      Résumé : We obtain estimation error rates and sharp oracle inequalities for regularization procedures of the form
      f^∈argminf∈F(1N∑i=1Nℓ(f(Xi),Yi)+λ∥f∥)
      when ∥⋅∥ is any norm, F is a convex class of functions and ℓ is a Lipschitz loss function satisfying a Bernstein condition over F. We explore both the bounded and subgaussian stochastic frameworks for the distribution of the f(Xi)’s, with no assumption on the distribution of the Yi’s. The general results rely on two main objects : a complexity function, and a sparsity equation, that depend on the specific setting in hand (loss ℓ and norm ∥⋅∥).
      As a proof of concept, we obtain minimax rates of convergence in the following problems : 1) matrix completion with any Lipschitz loss function, including the hinge and logistic loss for the so-called 1-bit matrix completion instance of the problem, and quantile losses for the general case, which enables to estimate any quantile on the entries of the matrix ; 2) logistic LASSO and variants such as the logistic SLOPE ; 3) kernel methods, where the loss is the hinge loss, and the regularization function is the RKHS norm.

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      Pierre ALQUIER

      Lieu : FRUMAM, salle de séminaire du 2ème étage - Aix-Marseille Université - Site St Charles
      3, place Victor Hugo - case 39
      13331 MARSEILLE Cedex 03

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    • Lundi 12 juin 15:30-16:30 - Anne-Françoise YAO-LAFOURCADE - Université Blaise Pascal (Clermont-Ferrand‎)

      Kernel spatial regression estimation for non-stationary process with applications

      Résumé : Let ( Z i , i ∈ Z N ) be a spatial process where Z i = ( X i , Y i ) are such the Y i ’s are real-valued and integrable variable and X i ’s are valued in a (semi-)metric separable space ( E ,d ). This work deals with the problem of the estimation the regression function, r defined by r( x ) =E( Y i | X i =x ) when the process ( Z i ) is not strictly stationary. We study the asymptotic behavior of the kernel estimator under mixing and local stationarity conditions. We also discuss the theoretical and practical aspects of relaxing the stationary hypothesis and present some applications.
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      Anne-Françoise YAO-LAFOURCADE

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      Portrait vidéo

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      Lieu : FRUMAM, salle de séminaire du 2ème étage - Aix-Marseille Université - Site St Charles
      3, place Victor Hugo - case 39
      13331 MARSEILLE Cedex 03

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