Institut de Mathématiques de Marseille, UMR 7373




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29 mai 2017: 4 événements

Séminaire

  • Agenda ERC IChaos

    Du 1er février au 31 mai - Stage à l'I2M (ERC IChaos) dans le cadre de sa thèse - Bourse HSE Moscou

    Dmitry ZUBOV

    Résumé : Les mesures finiment additives sur les foliations invariantes de diffeomorphismes hyperboliques"

    Lieu : Institut de Mathématiques - Marseille

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  • Agenda ERC IChaos

    Du 25 mai au 3 juin - Pierre LAZAG

    Chebychev Laboratory (St-Petersburg)

    Résumé : Collaboration with the Chebychev laboratory & Alexander BUFETOV on ERC IChaos and Chaire LAME

    Lieu : Chebychev Laboratory - 14th Line 29B, Vasilyevsky Island, St.Petersburg 199178, RUSSIA

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  • Séminaire Mathématiques, Évolution, Biologie (MEB)

    Lundi 29 mai 11:00-12:00 - Aitor GONZÁLEZ - TAGC, Marseille

    Prediction of loci involved in complex phenotypes based on regulatory features

    Résumé : Complex phenotypes are influenced by different single nucleotide polymorphisms (SNPs) and genes. Genome-wide association studies (GWAS) is a common technique to statistically associate tag SNPs to given complex phenotypes. A large number of associated loci fall into non-coding regions, which contribute to the phenotype through the regulation of target genes. SNPs in these regions are more difficult to analyze, because heterogeneity of regulatory mechanisms. A number of bioinformatics tools exist to prioritize causal regulatory SNPs, but these methods are not able to distinguish associated SNPs, because most associated loci do not cause the phenotype and do only co-occur with an unknown causal SNP. Predictive models of associated loci might be useful to integrate the vast number of known phenotype-specific associated loci and to prioritize loci with an association at borderline significance.
    Here we present a method to train a supervised classification model using associated loci and regulatory features to predict likely association loci in non-coding regions at the genome. Leave-one-chromosome-out cross-validation shows area-under-the-curve (AUCs) performances between 0.79 and 0.71 for intronic and intergenic SNPs. Analysis of the learning matrices shows a good agreement of known roles of histone marks for prediction of associated SNPs. We also find that crucial genes like cancer genes often contain SNPs with positive scores whereas likely less important unannotated genes mostly contain SNPs with negative scores.
    In conclusion, this new method predicts and helps understand the function of the non-coding genome based on associated SNPs and regulatory feature data.

    Lieu : Luminy, I2M sud, amphi Herbrand

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  • Séminaire Mathématiques et Algorithmique pour la Biologie des Systèmes (MABioS)

    Lundi 29 mai 14:00-15:00 - Martin Krahn et Marc Bartoli - Laboratoire de Génétique Moléculaire - Marseille

    Myologie translationnelle, de la caractérisation diagnostique aux approches thérapeutiques

    Résumé : Les thématiques de recherche de notre équipe intitulée « Myologie Translationnelle » (Unité mixte Inserm-AMU 910 dirigée par le Pr. Nicolas Lévy, Faculté de Médecine de Marseille) s’inscrivent dans une recherche translationnelle orientée vers des applications diagnostiques et thérapeutiques, dans le domaine des myopathies, qui sont des pathologies hétérogènes principalement de cause génétique.
    La majorité de nos projets de recherche sont menés en lien étroit avec l’activité de diagnostic génétique du Département de Génétique Médicale dirigé par le Pr. Lévy (Hôpital d’Enfants de La Timone ; Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille), notamment sur la base de grandes cohortes nationales et internationales établies par nos nombreuses collaborations.
    Notre travail de recherche de ces dernières années a porté notamment sur la caractérisation génétique et phénotypique de ces grandes cohortes, le développement de nouvelles approches diagnostiques basées sur l’utilisation des technologies les plus récentes (CGHarrays, séquençage de nouvelle génération), et de nouvelles approches thérapeutiques basées sur des observations cliniques particulières (données mutationnelles remarquables, phénotypes extrêmes).
    Notre présentation donnera une vue synthétique de nos différents domaines d’activité, de la caractérisation diagnostique aux approches thérapeutiques.​

    Lieu : Amphithéâtre Herbrand, I2M-Sud, campus de Luminy

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  • 29 mai 2017: 1 événement

    Manifestation scientifique

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