Institut de Mathématiques de Marseille, UMR 7373




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12 juin 2017: 6 événements

Séminaire

En savoir plus : Groupe de Travail Pythéas Fogg

  • Séminaire Mathématiques, Évolution, Biologie (MEB)

    Lundi 12 juin 11:00-12:00 - Damien PAULET - LIRMM - Montpellier

    Traduction, Ribo-seq et biais d’usage des codons

    Résumé : Le Ribo-seq est une nouvelle technique, dérivée du RNA-seq, qui permet de mesurer avec précision la traduction.
    Cette nouvelle approche a déjà permis d’étudier la régulation des gènes au niveau traductionnel, et ce, à l’échelle du génome.
    Nous présentons ici une autre utilisation du Ribo-seq : le calcul précis du biais d’usage des codons.
    Cela permet de déterminer quels sont les codons assurant la traduction la plus efficace, et d’étudier la conservation de ces codons optimaux entre espèces.

    Lieu : FRUMAM - Aix-Marseille Université - Site St Charles
    3, place Victor Hugo - case 39
    13331 MARSEILLE Cedex 03

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  • Séminaire Statistiques

    Lundi 12 juin 14:00-15:00 - Pierre ALQUIER - ENSAE, Malakoff

    Estimation bounds and sharp oracle inequalities of regularized procedures with Lipschitz loss functions

    Résumé : We obtain estimation error rates and sharp oracle inequalities for regularization procedures of the form
    f^∈argminf∈F(1N∑i=1Nℓ(f(Xi),Yi)+λ∥f∥)
    when ∥⋅∥ is any norm, F is a convex class of functions and ℓ is a Lipschitz loss function satisfying a Bernstein condition over F. We explore both the bounded and subgaussian stochastic frameworks for the distribution of the f(Xi)’s, with no assumption on the distribution of the Yi’s. The general results rely on two main objects : a complexity function, and a sparsity equation, that depend on the specific setting in hand (loss ℓ and norm ∥⋅∥).
    As a proof of concept, we obtain minimax rates of convergence in the following problems : 1) matrix completion with any Lipschitz loss function, including the hinge and logistic loss for the so-called 1-bit matrix completion instance of the problem, and quantile losses for the general case, which enables to estimate any quantile on the entries of the matrix ; 2) logistic LASSO and variants such as the logistic SLOPE ; 3) kernel methods, where the loss is the hinge loss, and the regularization function is the RKHS norm.

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    Pierre ALQUIER

    Lieu : FRUMAM, salle de séminaire du 2ème étage - Aix-Marseille Université - Site St Charles
    3, place Victor Hugo - case 39
    13331 MARSEILLE Cedex 03

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  • Séminaire MABioS

    Lundi 12 juin 14:00-15:00 - Célia BIANE - IBISC, Evry

    Inférence des causes moléculaires des switches phénotypiques

    Résumé : Inférence des déterminants moléculaires des switches phénotypiques.
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    Un défi majeur de la recherche contre le cancer est de déterminer les mutations génétiques responsables des phénotypes cancéreux des cellules et inversement, des actions de médicaments permettant l’initiation de la mort de ces cellules cancéreuses. Un tel défi requiert d’établir des relations causales entre les effets moléculaires des mutations et des médicaments à leur conséquence sur les phénotypes. Nous proposons un cadre théorique où les mutations et les actions des médicaments sont représentées comme des modifications topologiques des réseaux moléculaires provoquant une reprogrammation du phénotype cellulaire. Nous introduisons les réseaux Booléens contrôlés qui permettent l’implémentation d’actions topologiques par des variables de contrôle et proposons un algorithme d’inférence des actions minimales causales permettant d’atteindre des comportements attendus aux états stables de la dynamique. Enfin, nous validons notre approche sur un modèle de régulation du switch apoptosis/prolifération en inférant de façon automatique des gènes causaux et des cibles thérapeutiques du Cancer du Sein.
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    Inference of the molecular determinants of phenotypic switches
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    A major challenge in cancer research is to determine the genetic mutations causing the cancerous phenotype of cells and conversely, the actions of drugs initiating programmed cell death in cancer cells. However, such a challenge is compounded by the complexity of the genotype-phenotype relationship and requires to relate the molecular effects of mutations and drugs to their consequences on cellular phenotypes. We propose a theoretical framework where mutations and drug actions are seen as topological perturbations of molecular networks inducing cell phenotypic reprogramming. We introduce Boolean control networks where these topological network actions are modelled by control parameters. Based on this framework, we present a new algorithm using abductive reasoning principles that infers the minimal causal topological actions leading to an expected behavior at the stable states of the dynamics. We validate the framework on a model of network regulating the proliferation/apoptosis switch by automatically discovering driver genes and therapeutic targets in Breast Cancer.
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    Lieu : Amphithéâtre Herbrand - Institut de Mathématiques de Marseille (UMR 7373)
    Site Sud
    Campus de Luminy, Case 907
    13288 MARSEILLE Cedex 9

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  • Séminaire Géométrie, Dynamique et Topologie (GDT)

    Lundi 12 juin 14:00-15:00 - Anthony GENEVOIS - I2M, Marseille

    Groupes d’allumeur de réverbères et espaces médians

    Résumé : Dans cet exposé, on s’attachera à montrer comment un produit en couronne de deux groupes agissant sur des espaces médians agit lui-même sur un espace médian. Comme conséquences de cette construction, plusieurs propriétés se trouvent être invariantes par produits en couronne, comme être a-T-moyennable ou bien agir proprement sur un complexe cubique CAT(0).

    Lieu : CMI, salle de séminaire R164 - I2M - Château-Gombert
    39 rue Frédéric Joliot-Curie
    13453 Marseille cedex 13

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  • Séminaire Statistiques

    Lundi 12 juin 15:30-16:30 - Anne-Françoise YAO-LAFOURCADE - Université Blaise Pascal (Clermont-Ferrand‎)

    Kernel spatial regression estimation for non-stationary process with applications

    Résumé : Let ( Z i , i ∈ Z N ) be a spatial process where Z i = ( X i , Y i ) are such the Y i ’s are real-valued and integrable variable and X i ’s are valued in a (semi-)metric separable space ( E ,d ). This work deals with the problem of the estimation the regression function, r defined by r( x ) =E( Y i | X i =x ) when the process ( Z i ) is not strictly stationary. We study the asymptotic behavior of the kernel estimator under mixing and local stationarity conditions. We also discuss the theoretical and practical aspects of relaxing the stationary hypothesis and present some applications.
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    Anne-Françoise YAO-LAFOURCADE

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    Portrait vidéo

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    Lieu : FRUMAM, salle de séminaire du 2ème étage - Aix-Marseille Université - Site St Charles
    3, place Victor Hugo - case 39
    13331 MARSEILLE Cedex 03

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    Document(s) associé(s) :

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  • 12 juin 2017: 1 événement

    Manifestation scientifique