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URL:https://www.i2m.univ-amu.fr/evenements/coala-une-methode-dinference-de
 s-parametres-de-cophylogenie-par-approche-abc/
SUMMARY: (...): Coala\, une méthode d’inférence des paramètres de coph
 ylogénie par approche ABC. 
DESCRIPTION:: L’histoire évolutive de systèmes en étroite relation peu
 t être marquée par de la co-évolution\, à savoir l’influence mutuell
 e exercée sur leur évolution par deux ensembles d’organismes. Cela peu
 t-être le cas par exemple d’un ensemble d'hôtes et de leurs symbiotes.
  L’étude de cette histoire évolutive commune est un enjeu majeur puisq
 u’on estime par exemple qu’environ 75% des maladies humaines émergent
 es sont transmises des animaux aux humains. La co-évolution est un phéno
 mène souvent étudié à travers le prisme de la cophylogénie et de la r
 éconciliation d’arbres. Dans ce contexte\, on cherche à expliquer l’
 un des deux arbres à partir du premier. On utilise pour cela un ensemble 
 d’évènements de cophylogénie parmi lesquels : la co-spéciation\, la 
 duplication\, la perte et parfois également le transfert horizontal. Je p
 résenterai tout d’abord les problématiques de cophylogénie et de réc
 onciliation d’arbres dans le cadre d’un système hôtes/symbiotes\, en
  expliquant et soulignant les différences avec le cadre plus connu des sy
 stèmes gènes /espèces. Je présenterai ensuite la méthode Coala\, fond
 ée sur l’ABC (approximate bayesian computation)\, et qui permet d’inf
 érer les probabilités des événements de cophylogénie pour un système
  hôtes/symbiotes donné. Je discuterai les avantages et les limites de ce
 tte méthode\, ainsi que les nombreuses perspectives que nous continuons 
 à explorer. http://cmatias.perso.math.cnrs.fr
CATEGORIES:Séminaire,Mathématiques-Évolution-Biologie
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