BEGIN:VCALENDAR VERSION:2.0 PRODID:-//wp-events-plugin.com//7.2.3.1//EN TZID:Europe/Paris X-WR-TIMEZONE:Europe/Paris BEGIN:VEVENT UID:6682@i2m.univ-amu.fr DTSTART;TZID=Europe/Paris:20200922T100000 DTEND;TZID=Europe/Paris:20200922T120000 DTSTAMP:20241209T192715Z URL:https://www.i2m.univ-amu.fr/evenements/edp-non-locales-pour-modeliser- ladaptation-de-virus-et-bacteries-en-milieu-heterogene-application-a-levol ution-de-la-resistance-aux-traitements-chez-les-organismes-asexues-florian -lavigne/ SUMMARY:Florian Lavigne (I2M\, Aix-Marseille Université): EDP non locales pour modéliser l'adaptation de virus et bactéries en milieu hétérogèn e : Application à l'évolution de la résistance aux traitements chez les organismes asexués DESCRIPTION:Florian Lavigne: Florian LAVIGNE\, Equipe AA\, I2M Aix-Marseill e Université\n\nDirecteurs de thèse : François Hamel (co-directeur)\, L ionel Roques (directeur\, INRA)\n\nEDP non locales pour modéliser l’ada ptation de virus et bactéries en milieu hétérogène : Application à l' évolution de la résistance aux traitements chez les organismes asexués( Processus stochastiques et EDP non locales pour modéliser l'adaptation de virus et bactéries en milieu hétérogène : applications à la gestion des résistances en agronomie et en médecine humaine &\; vétérinaire ).\nLe sauvetage évolutif est le processus par lequel une population déc linante évite l’extinction en s’adaptant génétiquement. Ce phénom ène intervient dans de nombreux contextes biologiques\, en présence d'un "stress" : invasion de nouveaux habitats\, changement d'hôte chez les pa thogènes\, émergence de résistance aux pesticides\, antibiotiques et fo ngicides. Il apparaît crucial de développer et de tester des modèles pr édictifs de sauvetage évolutif\, dans l'objectif de rationaliser et éve ntuellement d'optimiser les stratégies de gestion de pathogènes dans ces différents contextes. De nombreux problèmes associés au sauvetage évo lutif\, notamment chez les pathogènes\, ont une composante spatiale impor tante (répartition de l’antibiotique dans l’organisme\, des pesticide s sur un paysage agricole\, etc.). Ainsi la rationalisation de l’utilisa tion de traitements passe par une bonne compréhension et prédiction de l ’effet de cette composante spatiale.Lors de ma thèse\, je me suis conce ntré sur les organismes asexués (pathogènes tels que lignées cancéreu ses\, virus et bactéries) et ai utilisé des modèles de paysages adaptat ifs et des systèmes dynamiques déterministes et stochastiques. L'objecti f était d'obtenir un cadre générique de modélisation\, permettant de p rédire des trajectoires démographiques\, sous les effets combinés de la sélection\, de la mutation\, et de la dispersion des organismes dans un environnement spatialement hétérogène.\n\nCe cadre de modélisation s'e st appuyé sur des équations intégro-différentielles ainsi que sur des EDP de transport non locales vérifiées par les fonctions génératrices des moments de processus stochastiques. Via l'analyse mathématique de ces équations\, j'ai notamment cherché à calculer les probabilités de sau vetage évolutif ou le temps nécessaire à l'adaptation à un stress.\n\n \nModelling eco-evolutionary dynamics of viruses and bacteria in heterogen eous environments with nonlocal PDEs: Application in the treatment resista nce of asexual organisms (Stochastic and non-local PDE processes to model the adaptation of viruses and bacteria in heterogeneous environments: appl ications to the management of resistance in agronomy and in human &\; v eterinary medicine).\n\n\nEvolutionary rescue occurs when a population\, i nitially declining because of exposure to a stress\, avoids extinction via genetic adaptation restoring population growth. This phenomenon underlies a range of biological contexts of fundamental and applied importance: ran ge expansions/contractions\, host shifts in pathogens\, and the emergence of resistance to herbicides\, pesticides\, fungicides\, antibiotics or che motherapy in cancer. Better management strategies of resistance emergence is a critical demand for health and agronomy. Such strategies would benefi t from an empirically established and general modelling framework to under stand and predict the adaptation of asexual organisms (e.g.\, viruses or b acteria)\, under the combined effects of mutation and selection\, in more or less complex situations\, including the case of heterogeneous populatio ns connected by migration.\n\nThe aim of this PhD is precisely to develop such a modelling framework and to carry out a rigourous mathematical analy sis of the corresponding equations. In that respect\, I have embeded a sta ndard phenotype-fitness landscape model into a population genetics model o f mutation selection and drift (with migration). This model is described v ia integro-differential equations and nonlocal transport equations satisfi ed by moment generating functions of some stochastic processes. The mathem atical analysis of these equations leads to analytic formulae for evolutio nary rescue probabilities and/or characteristic time until resistance emer gence occurs.\n\n\nhttps://informatique-mia.inrae.fr/biosp/homepage-floria n-lavigne\n\nhttps://lavigneflorian.wordpress.com/ CATEGORIES:Soutenance de thèse,Analyse Appliquée LOCATION:Université d'Avignon\, Université d'Avignon\, Avignon\, 84029\, France X-APPLE-STRUCTURED-LOCATION;VALUE=URI;X-ADDRESS=Université d'Avignon\, Avi gnon\, 84029\, France;X-APPLE-RADIUS=100;X-TITLE=Université d'Avignon:geo :0,0 END:VEVENT BEGIN:VTIMEZONE TZID:Europe/Paris X-LIC-LOCATION:Europe/Paris BEGIN:DAYLIGHT DTSTART:20200329T030000 TZOFFSETFROM:+0100 TZOFFSETTO:+0200 TZNAME:CEST END:DAYLIGHT END:VTIMEZONE END:VCALENDAR