BEGIN:VCALENDAR VERSION:2.0 PRODID:-//wp-events-plugin.com//7.2.3.1//EN TZID:Europe/Paris X-WR-TIMEZONE:Europe/Paris BEGIN:VEVENT UID:6327@i2m.univ-amu.fr DTSTART;TZID=Europe/Paris:20210917T140000 DTEND;TZID=Europe/Paris:20210917T160000 DTSTAMP:20241209T162736Z URL:https://www.i2m.univ-amu.fr/evenements/etude-du-vieillissement-des-cel lules-souches-hematopoietiques-par-la-biologie-des-systemes-sequencage-dar n-et-reseau-booleen-de-regulation-genetique-a-lechelle-de-la-cellule/ SUMMARY:Léonard Hérault (I2M\, Aix-Marseille Université): Étude du viei llissement des cellules souches hématopoïétiques par la biologie des sy stèmes: Séquençage d'ARN et réseau booléen de régulation génétique à l'échelle de la cellule DESCRIPTION:Léonard Hérault: Sous la direction de Elisabeth Remy et de Es telle Duprez.\n\nThèse en préparation à Aix-Marseille \, dans le cadre de Mathématiques et informatique de Marseille (184) depuis le 03-10-2017 .\nMembres du jury\nRapporteur du jury : PAULEVE LOIC\nRapporteur du jury : JAFFREDO THIERRY\nMembre du jury : CALZONE LAURENCE\nMembre du jury : TH IEFFRY DENIS\nInvité : Carl HERMANN\nDirectrice : REMY ELISABETH\nCo-Dire ctrice : DUPREZ ESTELLE\nÉtude du vieillissement des cellules souches hé matopoïétiques par la biologie des systèmes: Séquençage d'ARN et rés eau booléen de régulation génétique à l'échelle de la cellule\nRésu mé : Dans cette thèse nous avons mis en œuvre les techniques récentes de séquençage à l’échelle de la cellule et des méthodes d’in férence de réseaux de régulation génétique pour étudier l’effet d u vieillissement sur l’hématopoïèse\, le processus de formation et de renouvellement des cellules sanguines. L’hématopoïèse repose s ur les propriétés uniques des cellules souches hématopoïétiques (CSH) capables soit de s’auto-renouveler pour maintenir leur caractère souche\, soit de se différencier en cellules fonctionnelles. Avec l’ âge\, l’équilibre de cette population cellulaire se détériore. Des C SH peu fonctionnelles s’accumulent dans la moelle osseuse promouvant l ’immunosénescence et le développement d’hémopathies.\nAfin de com prendre les mécanismes qui régulent cette perte d’équilibre nous a vons séquencé 15000 transcriptomes de CSH isolées à partir de sour is jeunes et âgées. Différentes approches d’apprentissage supervis ées et non supervisées nous ont permis de classifier et représenter l es cellules dans des espaces réduits. Nous avons ainsi pu montrer une ac cumulation de CSH âgées quiescentes\, concomitante à un blocage pre ́coce de leur différenciation. Ces résultats nous ont guidés pour co nstruire un réseau booléen de régulation génétique afin de modé liser le processus de différenciation de ces cellules et comprendre son a ltération par le vieillissement. Pour ce faire\, nous avons adapté une méthode récente d'inférence de réseaux booléens basée sur la progr ammation de contraintes dynamiques. De ces résultats\, nous avons pu mett re en évidence le rôle majeur des gènes Egr1\, Junb et Gata2\, dans l e vieillissement de la population des CSH.\n\nMots clés : Cellule souche hématopoïétique\, séquençage d’ARN cellule unique\, inféren ce de réseaux de régulation génétique\, modélisation logique\, v ieillissement\n[su_spacer size="10"]Study of haematopoietic stem cell agei ng using systems biology: RNA sequencing and Boolean gene regulatory netwo rk at the single cell level\nAbstract: In this thesis\, we implemented rec ent advances in single cell sequencing technologies and gene regulatory ne twork inference methods to study the ageing alterations of haematopoiesis\ , the process of formation and renewal of all blood cells. The constant pr oduction of these short-life cells is based on an undifferentiated cell\, the haematopoietic stem cell (HSC). This crucial process relies on the uni que properties of HSC population to either self-renew to maintain the HSC pool or to differentiate into functional cells. With age\, the balance of this cell population deteriorates. Thus\, an accumulation of poorly functi oning HSCs is observed in the bone marrow of aged mice animals\, promoting immunosenescence and development of myeloid leukemias and anemias.\n[su_s pacer size="10"]\nIn order to understand the mechanisms regulating this lo ss of balance\, we sequenced the single-cell transcriptome of more than 15 \,000 HSCs isolated from young and old wild-type mice. Different supervise d and unsupervised learning approaches permit us to classify and represent e the cells in reduced dimensional spaces. Thus\, we were able to show an accumulation of quiescent aged cells concomitant with an early blockage of their differentiation. Next\, we used these results together with the cur rent knowledge on HSC biology to build a Boolean gene regulatory network t o model the differentiation of these cells\, and study its alteration with ageing. To do so\, we implemented and adapted a recently proposed method for inferring such networks by defining dynamical constraints with Answer Set Programming. From these results\, we highlighted the major role of the genes Egr1\, Junb and Gata2\, in the ageing of HSC population.\nKey words : Haematopoietic stem cell\, single cell RNA seq\, gene regulatory network inference\, logical modelling\, ageing\n ATTACH;FMTTYPE=image/jpeg:https://www.i2m.univ-amu.fr/wp-content/uploads/2 021/09/Leonard_Herault.png CATEGORIES:Soutenance de thèse,ALEA,MABioS LOCATION:Luminy - Auditorium de l'Hexagone\, 172 avenue de Luminy\, Marseil le\, 13009\, France X-APPLE-STRUCTURED-LOCATION;VALUE=URI;X-ADDRESS=172 avenue de Luminy\, Mars eille\, 13009\, France;X-APPLE-RADIUS=100;X-TITLE=Luminy - Auditorium de l 'Hexagone:geo:0,0 END:VEVENT BEGIN:VTIMEZONE TZID:Europe/Paris X-LIC-LOCATION:Europe/Paris BEGIN:DAYLIGHT DTSTART:20210328T030000 TZOFFSETFROM:+0100 TZOFFSETTO:+0200 TZNAME:CEST END:DAYLIGHT END:VTIMEZONE END:VCALENDAR