BEGIN:VCALENDAR VERSION:2.0 PRODID:-//wp-events-plugin.com//7.2.3.1//EN TZID:Europe/Paris X-WR-TIMEZONE:Europe/Paris BEGIN:VEVENT UID:2080@i2m.univ-amu.fr DTSTART;TZID=Europe/Paris:20171214T140000 DTEND;TZID=Europe/Paris:20171214T160000 DTSTAMP:20241209T220735Z URL:https://www.i2m.univ-amu.fr/evenements/modeles-et-algorithmes-pour-lev olution-biologique/ SUMMARY:Olivier Chabrol (I2M\, Aix-Marseille Université): Modèles et Algo rithmes pour l’évolution biologique DESCRIPTION:Olivier Chabrol: Cette thèse aborde plusieurs questions relati ves à l’évolution biologique au moyen de modèles mathématiques et d ’algorithmes de calcul les utilisant. Elle se trouve donc à l’interse ction des mathématiques\, de l’informatique et de la biologie.\n\nLa pr emière partie est consacrée au travail que j’effectue en tant qu’ing énieur en bioinformatique et qui a donné lieu à sept articles en collab oration. Elle est principalement constituée de l’un de ces sept article s\, qui est représentatif de mon activité dans ce cadre et dans lequel d ivers outils d’analyse sont utilisés afin d’étudier l’adaptation d es coraux aux changements de température. Plus précisément\, il s’agi t de déterminer si la tolérance aux changements de température que l’ on observe chez les coraux vivants à de faibles profondeurs a été spéc ifiquement sélectionnée au cours de leur évolution ou si cette toléran ce est partagée par toutes les espèces de coraux\, y compris celles viva nt à des profondeurs où il n’y a pas\, où très peu\, de variations d e température.\n\nLa question principale étudiée dans la thèse est la mise en évidence de signatures moléculaires de la convergence évolutive qui est le phénomène par lequel des espèces éloignées développent i ndépendamment des caractères similaires. Nous proposons une approche ori ginale permettant de détecter les positions des protéines potentiellemen t impliquées dans la convergence d’un caractère binaire donné. Celle- ci repose sur une mesure du “niveau de convergence” des positions\, qu i est une espérance déterminée sous des modèles Markoviens d’évolut ion protéique. Nous donnons un algorithme de calcul polynomial de cet ind ice et montrons (i) qu’il discrimine mieux que les méthodes précédent es\, les positions convergentes des\n“neutres” sur des simulations et (ii) que notre approche donne des résultats qui font sens biologiquement sur un exemple réel. En effet\, appliquée à un jeu de données relatif à l’apparition indépendante de l’écholocation chez les dauphins et les chauve-souris\, celle-ci détecte un nombre significativement importan t de gènes liés à l’audition\, ce qui constitue une validation de not re approche.\n\nDans le but de pouvoir traiter à terme de la convergence de caractères continus\, comme le poids ou la taille\, nous nous sommes e nsuite intéressés à la détection de changements de tendance évolutive le long d’un arbre représentant l’évolution des espèces. Nous prop osons une nouvelle méthode qui\, à notre connaissance\, est la première à être basée sur un principe de parcimonie où l’on cherche à déte rminer la position du changement permettant de minimiser un certain coût évolutif sur l’arbre. Les résultats obtenus sur deux jeux de données sont d’une part cohérents\nau regard des connaissances biologiques mais aussi tout à fait comparables à ceux obtenus à partir de méthodes bas ées sur des modèles stochastiques.\n*Membres du jury :\n- Bastien Boussa u\,\n- Eric Rivals\,\n- Etienne Pardoux\,\n- Gilles Didier (directeur)\,\n - Julie Thompson (rapporteur)\,\n- Manuela Royer-Carenzi (encadrante)\,\n- Mathieu raffinot (rapporteur)\,\n- Pierre Pontarotti (directeur)\n\nLiens :\n- theses.fr\n- Fiche de l'ED184 CATEGORIES:Soutenance de thèse,ALEA,Mathématiques-Évolution-Biologie END:VEVENT BEGIN:VTIMEZONE TZID:Europe/Paris X-LIC-LOCATION:Europe/Paris BEGIN:STANDARD DTSTART:20171029T020000 TZOFFSETFROM:+0200 TZOFFSETTO:+0100 TZNAME:CET END:STANDARD END:VTIMEZONE END:VCALENDAR