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URL:https://www.i2m.univ-amu.fr/evenements/probleme-d-inference-en-genetiq
 ue-des-populations-structurees-sous-neutralite/
SUMMARY: (...): Problème d'inférence en génétique des populations struc
 turées sous neutralité
DESCRIPTION:: Sous neutralité\, le polymorphisme génétique porte la trac
 e de l'évolution démographique : changement de taille de populations\, s
 éparation en sous-populations ou fusion\, migration entre populations\, e
 tc. Reconstruire cette histoire démographique à partir de données gén
 étiques actuelles est une question importante. À titre d'exemple\, on pe
 ut se demander : quelles sont les routes d'invasion de la coccinelle asiat
 ique ? les pygmées dérivent-ils tous d'une population ancestrale commune
  ? quelle est l'histoire de l'espèce humaine (sortie de l'Afrique\, etc.)
  ? De plus\, dans une perspective de détection de zone sous sélection\, 
 la distribution du polymorphisme ainsi reconstruite peut servir d'hypothè
 se nulle.D'un point de vue statistique\, tirer de l'information du polymor
 phisme actuel nous confronte à un problème difficile où la fonction de 
 vraisemblance n'est pas calculable. En effet\, la distribution génétique
  de l'échantillon s'explique par un objet latent ou caché de grande dime
 nsion (l'histoire génétique passée)\, incluant en particulier des struc
 tures combinatoires complexes (l'arbre généalogique des gènes de l'éch
 antillon).Nous présenterons quelques méthodes d'inférences actuelles po
 ur faire face à cette difficulté majeure\, basées soit sur de l'échant
 illonnage préférentiel (importance sampling)\, soit sur des comparaisons
  à de nombreuses simulations (méthodes ABC pour Approximate Bayesian Com
 putation) et quelques illustrations numériques.  Webpage
CATEGORIES:Séminaire,Mathématiques-Évolution-Biologie
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