BEGIN:VCALENDAR VERSION:2.0 PRODID:-//wp-events-plugin.com//7.2.3.1//EN TZID:Europe/Paris X-WR-TIMEZONE:Europe/Paris BEGIN:VEVENT UID:1326@i2m.univ-amu.fr DTSTART;TZID=Europe/Paris:20160908T000000 DTEND;TZID=Europe/Paris:20160908T000000 DTSTAMP:20241210T072139Z URL:https://www.i2m.univ-amu.fr/evenements/reseaux-integres-de-signalisati on-controlant-limmunite-innee-chez-c-elegans/ SUMMARY:Nishant Thakur (CIML & I2M\, Aix-Marseille université): Réseaux i ntégrés de signalisation contrôlant l’immunité innée chez C. Elegan s DESCRIPTION:Nishant Thakur: C. elegans est infecté par divers agents patho gènes \; bactéries\, champignons et virus. Lors d'une infection fongique \, C. elegans surexprime de nombreux gènes codant pour des peptides antim icrobiens (AMP). Le principal objectif de ma thèse était de construire u n réseau de régulation génique intégré représentant l'induction de c es gènes AMP pendant l'infection. Pour trouver les principales composante s du réseau de régulation\, via un criblage ARNi du génome entier (Zuga sti et al 2016)\, nous avons identifié 278 clones Nipi (pour "Absence d'i nduction de peptides antimicrobiens après infection") qui abrogent l'indu ction d'AMP. En utilisant "CloneMapper" (Thakur et al. 2014)\, nous avons identifié 338 gènes cibles pour ces clones. Nous avons montré que les v oies de MAPK sont au cœur de l'induction des AMP. Parmi les 50 gènes arb itrairement sélectionnés et surexprimant les AMP\, nous en avons validé 48 en utilisant Fluidigm. Pour attribuer des fonctions aux gènes identif iés dans ces études à haut débit\, nous avons développé un outil d'e nrichissement fonctionnel pour la communauté C.elegans (MS en préparatio n). Nous avons utilisé cet outil pour analyser les cibles du criblage ARN i sur le génome entier et sur d'autres bases de données concernant diver s agents pathogènes. Nous avons fait une analyse de l'enrichissement fonc tionnel des cibles ChIPseq de CEBP-1\, un facteur de transcription lié à la régulation de la réponse immunitaire innée (Kim et al\, Soumis). En fin\, pour mieux comprendre l'interaction entre l'hôte et le pathogène\, nous avons séquencé\, assemblé\, annoté et analysé le génome de D. coniospora. Nous avons identifié plusieurs facteurs de virulence potentie ls dans ce génome.\n-\n\nMots clés : C.elegans\, Clone Mapper\, Immunit é innée\, Yaat\, Nipi\, Réseaux de signalisation.\n\nIntegrated signali ng networks in innate immunity in C.elegans.\nAbstract: C. elegans is infe cted by diverse pathogens\, including bacteria\, fungi and viruses. Upon f ungal infection\, C. elegans up-regulates the expression of many antimicro bial peptide (AMP) genes. The main aim of my thesis was to build an integr ated gene regulatory network representing the induction of these AMP genes upon infection. To find the main/backbone components of the regulatory ne twork\, through a genome-wide RNAi screen (Zugasti et al. 2016)\, we ident ified 278 Nipi (for “no induction of antimicrobial peptides after infect ion”) clones that abrogate AMP induction. Using “CloneMapper” (Thaku r et al. 2014)\, we identified 338 target genes for these clones. We showe d that MAPK pathways are central to the induction of AMPs. We also charact erized the transcriptional changes provoked by infection using RNA-sequenc ing and identified more than 300 genes that are dynamically up-regulated a fter infection\, including 13 AMPs. We validated 48 (96%) of 50 arbitrary selected up-regulated genes using Fluidigm. To assign functions to genes i dentified in these high-throughput studies\, we developed a functional enr ichment tool for C.elegans community (MS in preparation). We used this too l to analyse the genome-wide RNAi screen targets and other pathogen-relate d datasets. We did functional enrichment analysis of ChIPseq targets of CE BP-1\, TF linked to the regulation of the innate immune response (Kim et a l.\, submitted). Finally\, to understand better the interaction between ho st and pathogen\, we sequenced\, assembled\, annotated and analysed the D. coniospora genome (Lebrigand et al. 2016). We identified various potentia l virulence factors in the fungal genome.\n\nKeywords: C.elegans\, Clone M apper\, Innate immunity\, Yaat\, Nipi\, Regulatory networks.\n*Membres du jury :\n- Directeur de thèse : Jonathan EWBANK\, Centre d’'Immunologie de Marseille-Luminy\, Aix-Marseille university\n- CoDirecteur de thèse : Laurent TICHIT\, Institut de Mathématiques de Marseille (I2M)\, Aix-Marse ille University\n- Rapporteur : Ben LEHNER\, Centre for Genomic Regulation \, Barcelona.\n- Rapporteur : Marie-Anne FELIX\, Institute of Biology\, Ec ole Normale Supérieure\n- Examinateur : Jacques van HELDEN\, Technologica l Advances for Genomics and Clinics (TAGC) \, Aix-Marseille university\n- Examinateur : Nicolas THIERRY-MIEG\, TIMC-IMAG Laboratory Grenoble\, Franc e.\n\nLien : theses.fr CATEGORIES:Soutenance de thèse,ALEA,MABioS END:VEVENT BEGIN:VTIMEZONE TZID:Europe/Paris X-LIC-LOCATION:Europe/Paris BEGIN:DAYLIGHT DTSTART:20160327T030000 TZOFFSETFROM:+0100 TZOFFSETTO:+0200 TZNAME:CEST END:DAYLIGHT END:VTIMEZONE END:VCALENDAR