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URL:https://www.i2m.univ-amu.fr/evenements/segmentation-sur-arbre-applicat
 ion-a-la-detection-de-changements-adaptatifs-ancestraux-sur-des-phylogenie
 s/
SUMMARY: (...): Segmentation sur arbre : application à la détection de ch
 angements adaptatifs ancestraux sur des phylogénies
DESCRIPTION:: En écologie comparative et évolutive\, les traits quantitat
 ifs d’un jeu d’espèces actuelles peuvent être vus comme le résultat
  d’un processus stochastique courant le long d’un arbre phylogénétiq
 ue. Cette modélisation permet de prendre en compte les corrélations prod
 uites par une histoire évolutive partagée. Le processus stochastique est
  choisi afin de de capturer les mécanismes qui gouvernent l’évolution 
 des traits dans le temps. On s’intéresse ici à la présence de sauts d
 ans la valeur des paramètres de ce processus\, qui peuvent mettre en évi
 dence une réponse adaptative rapide à un changement d’environnement. A
  nombre de sauts donné\, un estimateur du maximum de vraisemblance des pa
 ramètres et de la position des sauts sur l’arbre peut être obtenu grâ
 ce à un modèle à données incomplètes. Des problèmes d’identifiabil
 ité se posent pour la localisation des sauts sur l’arbre\, plusieurs al
 locations différentes pouvant produire la même distribution jointe pour 
 les traits observés aux feuilles. On se propose alors de dénombrer\, d
 ’une part\, les allocations non-identifiables équivalentes\, et\, d’a
 utre part\, les solutions distinctes identifiables. Cette dernière quanti
 té nous sert alors à calibrer une pénalité de sélection de modèle\, 
 pour laquelle on est capable de montrer une inégalité de type oracle dan
 s le cas univarié. Dans le cas multivarié\, une extension du modèle est
  proposée\, qui permet la gestion des corrélations possibles entre les t
 raits étudiés\, ainsi que des éventuelles données manquantes. Référe
 nces :- Bastide\, Mariadassou\, Robin (2017). Detection of adaptive shifts
  on phylogenies by using shifted stochastic processes on a tree. Journal o
 f the Royal Statistical Society : Series B (Statistical Methodology)\, 79(
 4)\, 1067–1093. doi:10.111/rssb.12206- Bastide\, Ané\, Robin\, Mariadas
 sou (en révision) : Inference of Adaptive Shifts for Multivariate Correla
 ted Traits. bioRxivhttp://pbastide.github.io
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