BEGIN:VCALENDAR VERSION:2.0 PRODID:-//wp-events-plugin.com//7.2.3.1//EN TZID:Europe/Paris X-WR-TIMEZONE:Europe/Paris BEGIN:VEVENT UID:5929@i2m.univ-amu.fr DTSTART;TZID=Europe/Paris:20221012T143000 DTEND;TZID=Europe/Paris:20221012T163000 DTSTAMP:20241209T161358Z URL:https://www.i2m.univ-amu.fr/evenements/study-of-impact-of-pten-loss-in -leukemic-development-of-t-cell-boolean-modelling-and-transcriptomic-analy sis-at-single-cell-resolution/ SUMMARY:Saran Pankaew (I2M & CIML\, Aix-Marseille Université): Study of Im pact of Pten-loss in leukemic development of T cell: Boolean modelling and transcriptomic analysis at single-cell resolution DESCRIPTION:Saran Pankaew: Sous la codirection de / under the co-direction of Dominique PAYET-BORNET (CIML\, Marseille) et d'Élisabeth REMY (I2M\, M arseille).\nThèse en préparation à Aix-Marseille \, dans le cadre de Ma thématiques et informatique de Marseille (184) \, en partenariat avec le Centre d'Immunologie de Marseille Luminy (équipe Instabilité génomique et hémopathies humaines) et l'Institut de Mathématiques de Marseille (é quipe de recherche MABIOS du groupe ALEA) depuis le 07-11-2018.\nMembres d u jury / The juries compose of:\n\n\n\n\n\nJean-François PEYRON (DR2)\, C 3M\, Université Côte d’Azur (INSERM U1065)\n\n\nRapporteur\n\n\n\n\nLo redana MARTIGNETTI (CRCN)\, Institut Curie (INSERM U900)\n\n\nRapportrice\ n\n\n\n\nEmmanuelle BECKER (MCF)\, IRISA (UMR6074)\n\n\nExaminatrice\n\n\n \n\nYuna BLUM (CRCN)\, IGDR (UMR6290)\n\n\nExaminatrice\n\n\n\n\nMossadek TALBY (PR)\, CPPM\, Univ. Aix-Marseille (CNRS UMR7346)\n\n\nPrésident du jury\n\n\n\n\nDominique PAYET-BORNET (DR2)\, CIML\, Univ. Aix-Marseille\, (CNRS UMR7280\, INSERM U1104)\n\n\nDirectrice de thèse\n\n\n\n\nÉlisabet h REMY (DR2)\, I2M\, Univ. Aix-Marseille (CNRS UMR7373)\n\n\nCo-directrice de thèse\n\n\n\n\nRésumé : Les leucémies lymphoblastiques aiguës à cellules T (LAL-T) sont des proliférations malignes de thymocytes. Dans l es LAL-T\, le gène PTEN est inactivé de façon récurrente et son altér ation est fréquemment associée aux LAL-T TCRαβ+\; mon laboratoire d'ac cueil (CIML) a montré que la signalisation TCRαβ est directement impliq uée dans la leucémogenèse médiée par PTEN. L'objectif de mon projet d e thèse a été de comprendre l'interaction fonctionnelle entre la signal isation TCRαβ et PTEN afin de décrypter les mécanismes moléculaires d éterminant le destin des thymocytes PTEN-déficients vers la leucémie ou la mort.\nNotre premier projet a utilisé des données scRNA-seq pour com parer des thymocytes physiologiques et pathologiques (Ptendel). Nous obser vons que les thymocytes Pten-del présentent une réduction de l'activité de la voie de signalisation du calcium\, ce qui est confirmé ex vivo par un test de flux de calcium. Pour comprendre ce mécanisme\, j'ai construi t un modèle mathématique centré sur les mécanismes contrôlant le flux de calcium\, qui inclut PTEN et la signalisation externe du TCR. Ce modè le a identifié les éléments clés de l'inhibition du flux calcique\, qu i sont confirmés ex vivo dans les thymocytes Pten-del. J’ai débuté un e analyse préliminaire de données scRNA-seq multimodales (ARNm\, protéi nes de surface et clonotypes TCR ). Cette analyse devrait contribuer à un e meilleure compréhension de la genèse des leucémies des thymocytes Pte ndel. Dans l'ensemble\, mon travail montre qu'une approche interdisciplina ire\, impliquant la modélisation et des technologies de pointe single-cel l\, peut contribuer à la compréhension de processus biologiques tels que la leucémogenèse.\nMots clés : PTEN\, signalisation TCR\, Analyse des cellules uniques\, modélisation logique\, réseaux de régulation.\n\nStu dy of Impact of Pten-loss in leukemic development of T cell: Boolean mode lling and transcriptomic analysis at single-cell resolution\nAbstract: T-c ell acute lymphoblastic leukemias (T-ALL) are malignant proliferations of thymocytes. In T-ALL\, PTEN is recurrently inactivated and is frequently a ssociated with TCRαβ+ T-ALL\; moreover\, my host laboratory (CIML) showe d that TCRαβ signaling is directly involved in PTEN-mediated leukemogene sis of thymocytes. The main objective of my thesis project was to better u nderstand the functional interaction between TCRαβ signaling and PTEN in order to decipher mechanisms determining the fate of PTEN-deficient T cel ls toward leukemia or cell death. \nOur first project utilized scRNA-seq d ata to compare physiological and pathological (Cd4-Cre x Ptenfl/fl\, calle d Ptendel) thymocytes. We found that Pten-del thymocytes exhibit a decreas e in calcium signaling pathway activity\, which is confirmed ex vivo by ca lcium flux assay. To understand this mechanism\, I constructed a mathemati cal model focusing on the mechanisms controlling calcium flux\, which incl udes PTEN and the external TCR signaling. This qualitative model reproduce s the dynamics reported in the literature and identified key elements of c alcium flux inhibition\, which are confirmed experimentally in Pten-del th ymocytes. Another preliminary project focuses on PTEN involvement before a nd during leukemogenesis. We used single-cell multimodal data (mRNA\, surf ace proteins expression and TCR clonotype) to better understand the impact of the thymic selection on the fate of Pten-del thymocytes. Overall\, my work shows that an interdisciplinary approach\, involving mathematical mod eling and cutting-edge single-cell technologies\, has contributed to under standing complex biological processes such as leukemogenesis.\nKeywords: P TEN\, TCR signaling\, single cell analysis\, logic modeling\, regulatory n etworks.\n\nLiens / Links:\nhttps://ecole-doctorale-62.univ-amu.fr/fr/sout enance/2521\nhttps://college-doctoral.univ-amu.fr/inscrit/11167\nhttps://d oc2amu.univ-amu.fr/fr/saran-pankaew-phd-candidate-2018-class\nhttps://adum .parisnanterre.fr/as/ed/cv.pl?mat=103449&\;site=adumR\nhttps://scholar. google.com/citations?user=SATTl9sAAAAJ&\;hl=en\nhttps://www.researchgat e.net/profile/Saran-Pankaew\nhttp://www.ciml.univ-mrs.fr/saran-pankaew-bes t-oral-presentation-award-international-course-computational-systems-biolo gy\n\nhttps://www.youtube.com/watch?v=aGQsvn86psA\n\n ATTACH;FMTTYPE=image/jpeg:https://www.i2m.univ-amu.fr/wp-content/uploads/2 020/01/Saran_Pankaew.jpg CATEGORIES:Soutenance de thèse,ALEA,MABioS LOCATION:Luminy - Centre d'Immunologie de Marseille-Luminy (CIML)\, Centre d'immunologie de Marseille-Luminy (CIML)\, Marseille \, France\, 13288\, F rance X-APPLE-STRUCTURED-LOCATION;VALUE=URI;X-ADDRESS=Centre d'immunologie de Mar seille-Luminy (CIML)\, Marseille \, France\, 13288\, France;X-APPLE-RADIUS =100;X-TITLE=Luminy - Centre d'Immunologie de Marseille-Luminy (CIML):geo: 0,0 END:VEVENT BEGIN:VTIMEZONE TZID:Europe/Paris X-LIC-LOCATION:Europe/Paris BEGIN:DAYLIGHT DTSTART:20220327T030000 TZOFFSETFROM:+0100 TZOFFSETTO:+0200 TZNAME:CEST END:DAYLIGHT END:VTIMEZONE END:VCALENDAR