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URL:https://www.i2m.univ-amu.fr/evenements/sur-quelques-problemes-d-infere
 nce-en-genetique-des-populations-neutres/
SUMMARY: (...): Sur quelques problèmes d'inférence en génétique des pop
 ulations neutres
DESCRIPTION:: Il s'agit d'une série d'exposés sur les problèmes d'infér
 ence en génétique des populations sous neutralité. Nous commencerons pa
 r exposer les modèles stochastiques sous-jacents : comment utilise-t-on l
 e coalescent de Kingman pour modéliser les arbres de gènes sur des scén
 arios évolutifs entre populations incluant migrations\, divergence\, admi
 xture\, changement de taille efficace entre populations. Et comment on peu
 t exploiter les modèles d'évolution markovienne le long des branches de 
 l'arbre de gènes pour expliquer les données génétiques actuelles.Du po
 int de vue de l'inférence\, ces modèles sont difficiles à manier car la
  vraisemblance s'écrit comme une intégrale contre la loi de tout ce proc
 essus latent (coalescent structuré\, sur lequel on superpose un modèle d
 'évolution génétique). À l'exception de quelques cas particuliers\, ce
 tte intégrale ne peut être calculer explicitement. Nous verrons comment 
 on peut calculer numériquement ces intégrales (via l'échantillonnage pr
 éférentiel) et brancher ce calcul dans un schéma d'inférence par maxim
 um de vraisemblance ou dans un schéma de calcul de loi a posteriori. Nous
  en profiterons pour rappeler l'efficacité visée par les procédures de 
 décisions bayésiennes.Enfin\, nous verrons comment on peut résoudre les
  difficultés d'inférence les plus complexes en utilisant des simulations
  suivant le modèle expliquant les données. Il s'agit des méthodes bayé
 siennes approchées ou ABC (approximate Bayesian computation). Nous prése
 nterons les derniers résultats sur ces méthodes\, aussi bien pour les qu
 estions de choix de modèles que les questions d'inférence paramétriques
 . Webpage
CATEGORIES:Séminaire,Mathématiques-Évolution-Biologie
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