Coala, une méthode d’inférence des paramètres de cophylogénie par approche ABC.
Date(s) : 02/12/2015 iCal
11h00 - 12h00
L’histoire évolutive de systèmes en étroite relation peut être marquée par de la co-évolution, à savoir l’influence mutuelle exercée sur leur évolution par deux ensembles d’organismes. Cela peut-être le cas par exemple d’un ensemble d’hôtes et de leurs symbiotes. L’étude de cette histoire évolutive commune est un enjeu majeur puisqu’on estime par exemple qu’environ 75% des maladies humaines émergentes sont transmises des animaux aux humains.
La co-évolution est un phénomène souvent étudié à travers le prisme de la cophylogénie et de la réconciliation d’arbres. Dans ce contexte, on cherche à expliquer l’un des deux arbres à partir du premier. On utilise pour cela un ensemble d’évènements de cophylogénie parmi lesquels : la co-spéciation, la duplication, la perte et parfois également le transfert horizontal.
Je présenterai tout d’abord les problématiques de cophylogénie et de réconciliation d’arbres dans le cadre d’un système hôtes/symbiotes, en expliquant et soulignant les différences avec le cadre plus connu des systèmes gènes /espèces. Je présenterai ensuite la méthode Coala, fondée sur l’ABC (approximate bayesian computation), et qui permet d’inférer les probabilités des événements de cophylogénie pour un système hôtes/symbiotes donné. Je discuterai les avantages et les limites de cette méthode, ainsi que les nombreuses perspectives que nous continuons à explorer.
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