Journée annuelle du GT Bioss (2017, 3ème édition)

JOURNEE ALEA-BMA-MABIOS
Amphitheatre de l'espace colloque du CNRS, Montpellier
http://bioss-cnrs.fr/manif/jnbioss_201703/jnbioss201703.html

Date(s) : 13/03/2017 - 14/03/2017   iCal
Toute la journée

La troisième édition des journées annuelles du GT Bioss (GDR BiM) va se dérouler juste avant les journées nationales du GDR Informatique-Mathématique. Ainsi, les 13 et 14 mars 2017, les membres du GT auront le plaisir de se rencontrer autour de conférences autour des thèmes suivants :

– la modélisation des systèmes biologiques et ses applications;

– les systèmes dynamiques discrets, hybrides;

– les langages de modélisation et leurs sémantiques (déterministes, non-déterministes, stochastiques);

– la vérification de modèles;

– la réduction de modèles et leur pouvoir prédictif (sous incertitude);

– l’inférence d’interactions et de règles à partir de données biologiques;

– et plus généralement tout problème de modélisation lié à l’intégration de données réelles.

Inscription

L’inscription, gratuite mais obligatoire, se fait en remplissant le formulaire accessible ici.

Orateurs invités

Anaïs Baudot, Institut de Mathématiques de Marseille.
Jakob Ruess, INRIA Saclay.
Thomas Sturm, CNRS-LORIA, Nancy & Max Planck Institute, Saarbrücken, Germany.

Programme

Lundi 13 Mars

09h00 – 09h25Accueil – Café
Chairwoman: Anne Siegel
09h25 – 09h30 – Ovidiu Radulescu – Introduction.
09h30 – 10h15Conférencier invité – Jakob Ruess – Control of bio-digital systems in single cells.
10h20 – 10h35 – Ovidiu Radulescu – Time dependent multivariate distributions for piecewise-deterministic models of gene networks. slides
10h40 – 10h55 – Stefano Casagranda – Principal Process Analysis and reduction of biological models with order of magnitude.
slides 11h00 – 11h30Pause
Chairman: Cédric Lhoussaine
11h30 – 11h45 – Yves-Stan Le Cornec – Le Projet Kami.
11h50 – 12h05 – Andreea Beica – Synchronous balanced analysis. slidesi
12h10 – 12h25 – François Fages – Complexité algorithmique des calculs analogiques et compilation de fonctions mathématiques en réactions biochimiques élémentaires.

12h30- 13h45 – Pause déjeuner

Chairman: Ovidiu Radulescu
13h45 – 14h30Conférencier invité – Thomas Sturm – Symbolic Methods in Bifurcation Analysis. slides
14h35 – 14h50 – Matthieu Pichene – Predicting tumor growth using a statistical layered population abstraction. slides
14h55 – 15h10 – François Boulier – Identifiabilité, équations intégro-différentielles et neurobiologie. slides
15h15 – 15h40Pause
Chairman: François Fages
15h40 – 15h55 – Clémence Frioux – Hybrid gap-filling to reconcile qualitative and quantitative abstractions of metabolism.
16h00 – 16h15 – Emilie Allart – Elementary modes refine abstract interpretation of reaction networks with partial kinetic information.
16h20 – 16h35; Marie Beurton-Aimar – How to display patterns inside elementary flux modes.
16h40 – 17h00Pause
Chairman: Grégory Batt
17h00 – 17h15 – Florian Bridoux – On The Cost Of Simulating A Parallel Boolean Automata Networks By A Sequential One.
17h20 – 17h35 – Aurélien Naldi – Reversed logical models for the study of basins of attraction.
17h40 – 17h55 – Pierre Siegel – Des logiques non-monotones aux systèmes dynamiques discrets (SDD).
18h00 – 18h15 – Laurent Trilling – Apport de la non monotonie pour la modélisation logique de réseuax de régulation génique.

19h15 – Repas au Restaurant Trinque Fougasse O’Nord 1581 route de Mende (à 350m à pied du lieu de la conférence), formule 30€, vin et concert jazz compris. Il est encore possible de s’inscrire au repas!

Mardi 14 Mars

Chairwoman: Élisabeth Rémy
09h00 – 09h45: Conférencière invitée – Anais Baudot – Mining and modeling biological networks to study rare and common human diseases.
09h50 – 10h10: Pause
10h10 – 10h25: Jean Coquet – Analysis of TGF-β signaling networks to find different families of trajectories.
10h30 – 10h45: Arnaud Poret – Linking Cancer Models with Therapeutic Effects.
10h50 – 11h05: Amos Korman – Confidence sharing: an economic strategy for efficient information flows in animal groups.
11h10 – 11h30: Pause
Chairman: Laurent Trilling
11h30 – 11h45: Ofer Feinerman – Algorithmic challenges in ant cooperative transport.
11h50 – 12h05: Jonathan Behaegel – Réseaux génétiques hybrides: de la logique de Hoare à l’identification de paramètres.
12h10 – 12h25: Celia Biane – Inférence d’action sur les réseaux pour la reprogrammation cellulaire.

 

Organisateurs : Ovidiu Radulescu, Grégory Batt, Cédric Lhoussaine, Elisabeth Remy (I2M) et Anne Siegel

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