Problème d’inférence en génétique des populations structurées sous neutralité

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Date(s) - 30/09/2015
11 h 00 min - 12 h 00 min

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Sous neutralité, le polymorphisme génétique porte la trace de l’évolution démographique : changement de taille de populations, séparation en sous-populations ou fusion, migration entre populations, etc. Reconstruire cette histoire démographique à partir de données génétiques actuelles est une question importante. À titre d’exemple, on peut se demander : quelles sont les routes d’invasion de la coccinelle asiatique ? les pygmées dérivent-ils tous d’une population ancestrale commune ? quelle est l’histoire de l’espèce humaine (sortie de l’Afrique, etc.) ? De plus, dans une perspective de détection de zone sous sélection, la distribution du polymorphisme ainsi reconstruite peut servir d’hypothèse nulle.

D’un point de vue statistique, tirer de l’information du polymorphisme actuel nous confronte à un problème difficile où la fonction de vraisemblance n’est pas calculable. En effet, la distribution génétique de l’échantillon s’explique par un objet latent ou caché de grande dimension (l’histoire génétique passée), incluant en particulier des structures combinatoires complexes (l’arbre généalogique des gènes de l’échantillon).
Nous présenterons quelques méthodes d’inférences actuelles pour faire face à cette difficulté majeure, basées soit sur de l’échantillonnage préférentiel (importance sampling), soit sur des comparaisons à de nombreuses simulations (méthodes ABC pour Approximate Bayesian Computation) et quelques illustrations numériques.

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Olivier CHABROL
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